Los ninjas usaban tácticas sigilosas contra los enemigos mejor armados, como los samurai, pero eso no significa que estuvieran limitados al espionaje o al trabajo encubierto. Sus armas y estrategias derivaban en parte de la necesidad de defenderse a sí mismos de los samurai.
Los ninjas como grupo comenzaron a aparecer alrededor en el siglo XV de la era feudal japonesa como organizaciones marciales que predominaban en las regiones de Iga y Koga, en el centro de Japón.
En ese momento, los conflictos entre los clanes de los daimyo que controlaban pequeñas regiones de tierra, establecieron la guerrilla y el asesinato como alternativas viables contra el ataque frontal. Desde que el Bushido, el código samurai, prohibió dichas tácticas por ser deshonestas, un daimyo no podía esperar que sus propias tropas cumplieran con las tareas requeridas; por eso tenían que comprar la ayuda de los ninjas para realizar estos golpes de espionaje, asesinatos, e infiltración en las líneas enemigas.
Hubo algunas personas y grupos que se creía eran potenciales ninjas históricos de aproximadamente el mismo período. Se rumoreaba que algunos de los más altos daimyos y shogunes eran ninjas, y explotaban su rol como cazadores-ninja para infligir sospechas y oscurecer su participación en los ‘deshonestos’ métodos ninja.
Aunque fueron clasificados como asesinos, muchos de los ninjas eran guerreros en todo sentido. En el libro de Stephen K. Hayes, Mystic arts of the ninja, Hattori Hanzo, uno de los ninja más conocidos, es descrito en una armadura semejante a la de un samurai. Hayes también dice que aquellos que terminaron escribiendo la historia de los ninjas eran personas en posiciones de poder dentro de las dictaduras militares, y que los estudiantes de historia deberían saber que la historia de los ninja fue guardada por observadores que escribieron sobre sus actividades viéndolas desde afuera.
‘El ninjutsu no apareció como un arte bien definido en primer lugar, y pasaron muchas centurias hasta que los ninjutsu fueron establecidos como un sistema de conocimiento independiente con su propio derecho. El ninjutsu se desarrolló como una contracultura altamente ilegal en relación de la elite samurai, y por esta razón los orígenes de su arte fueron envueltos durante siglos en misterio, secreto, y confusión histórica deliberada’.
Hayes realiza una afirmación similar: ‘Los predecesores de los ninja japoneses fueron llamados rebeldes en relación a los budistas que escaparon hacia las montañas cerca de Kyoto a comienzos del siglo VII A. de C. para escapar de la persecución religiosa y la muerte a mano de las fuerzas imperiales’.
Las kunoichi (くの一, kunoichi?) eran mujeres ninja. Fueron utilizadas como asesinas y espías. La mujer dentro del mundo del ninjutsu tuvo un papel mucho más reconocido que las demás mujeres en el antiguo Japón. Dentro de una sociedad completamente machista, en la que el espacio que ocupaba la mujer era puramente decorativo, tuvo en el budô una excepción muy representativa.
El entrenamiento habitual de las kunoichi difería radicalmente en el conjunto de habilidades del ninja, si bien mantenían un núcleo común: taijutsu, kenjutsu, Ninjutsu, etc. Se las instruía específicamente en un grupo de destrezas único que sólo una mujer podía usar. Este abanico técnico convertía a la kunoichi en una versátil herramienta contra el hombre. Normalmente no tenía conciencia de tener compañeras, ya que el comandante la mantenía constantemente en la creencia de ser la única pupila, ya que así se aseguraba la eficacia y lealtad de ésta a través del vínculo emocional.
La principal jonin ninja de clanes femeninos fue Chiyome Mochizuki de la familia ninja de Koga, quien entrenaba niñas huérfanas e indigentes dándoles trato de monjas y utilizando sus servicios como espías.
Las Kunoichi, como ya se mencionó, servían como espías seduciendo señores feudales para matarlos o conseguir información importante. Se dice que la belleza de las Kunoichi era tan grande que no había hombre que se resistiera a su mortal seducción.
Las ninja, fueron entrenadas, principalmente, para la seducción, llegando incluso hasta el matrimonio para cumplir la misión.